Desde el mismo momento en el que un grupo de personas que poblaban la Villa de Álora acudían a Sevilla en 1502, encabezados por el alcalde a recibir la Sagrada Imagen de la Virgen de Flores, se puede considerar este hecho como el principio de una asociación de devotos que empiezan a girar en torno a la Virgen, congregación que empezaría a aumentar a lo largo de los siglos hasta llegar a conformarse como Hermandad. Aunque desconocemos el momento en el que surge la idea de Hermandad, si que se tiene constancia de que a principios del siglo XX ya se habla de ella en los siguientes momentos:
– El 24 de enero de 1914 se celebró una procesión desde la Iglesia Parroquial de Nuestra Señora de la Encarnación hasta la Iglesia de la Veracruz para trasladar las imágenes de esta última que estaban en la parroquia por el simple motivo de que se había estado restaurando la Veracruz. En aquella procesión se organizó una comitiva en la que formaron parte de ella una comisión de la Hermandad de la Virgen de Flores.
– El 24 de febrero de 1919 llegarían a Álora los Padres Misioneros y para recibirlos se organizó una procesión, que salía desde la Iglesia de la Veracruz hasta la Iglesia Parroquial, en cuya comitiva iba una comisión que representaba a la Hermandad de la Virgen de Flores.
Pero no será hasta 1940 el momento en el cual acuerdan los vecinos de la ciudad de Álora redactar los primeros estatutos para la constitución de la cofradía. Los estatutos aprobados el 18 de junio de dicho año, fueron redactados por D. Francisco Gómez de Mercado y de Miguel (Notario Académico de la Real Academia de la Historia), que fue elegido Hermano Mayor.
Esta asociación de fieles fue llamada Cofradía de Nuestra Madre la Virgen de Flores y en algunos de sus fines se decantarán por promover el culto a la Virgen de Flores además de llevar a cabo obras de penitencia: asistir a los enfermos, dar de comer a los pobres o socorrer a los desvalidos, esto último con ayuda de lo que se conocía desde principios de siglo como el Ropero de la Virgen de Flores.
Los capitales de la cofradía podían estar dedicados a comprar parcelas y construir viviendas con la finalidad de ofrecerlas en arrendamiento a los más pobres que pasarían a ser propietarios de estas cuando se cubrieran los gastos.
Testimonios significativos de la cofradía serían que la misma estaría encabezada por una Junta Directiva, en la que no podía estar representada por ninguna mujer a excepción de las camareras, que sería elegida por los cofrades celadores, uno por cada veinticinco cofrades y que los elegiría el Cabildo General. Cada Hermano al corriente de las cuotas tenía un titulo que lo acreditaba como tal.
El distintivo de la cofradía era una medalla de metal blanco que llevaba en el anverso la imagen de la Virgen y en el reverso la siguiente frase: “Cofradía de Nuestra Madre la Virgen de Flores”. Álora (Málaga). De la medalla pendía una cinta blanca y encarnada, colores de dicha virgen según la tradición (este último apunte debe ser una errata de los Estatutos pues como ahora se verá y como todo el pueblo de Álora conoce, esos no son los colores de la Virgen). Los miembros de la Directiva junto con el Arcipreste y la Camarera se caracterizarían por llevar una cinta más ancha que la de los demás cofrades.
La denominación de Hermandad Virgen de Flores, la tomará la cofradía a partir del 14 de agosto de 1987, momento en el que se aprobarán unos nuevos estatutos. Es en estos es donde se concreta, mucho más que en los primeros, el lugar donde está establecida canónicamente la cofradía, que es en la Parroquia de Nuestra Señora de la Encarnación.
Las finalidades se observan disminuidas en su número para pasar a ser solamente tres, aunque cada una de ellas generaliza las de 1940. En definitiva, estos estatutos fueron los de un modelo implantado burocráticamente que han sido adaptados a los de la Virgen de Flores quedando mucho más amplios que los anteriores, siempre y cuando se asuma la idea de que han transcurrido cuarenta y siete años desde los primeros, y que la mentalidad ha progresado para adaptarse al Derecho Canónico y a las Bases Episcopales aptas para ser aprobados.
La medalla de la hermandad contienen en el anverso la imagen de la Virgen, mientras que en el reverso aloja el nuevo lema: “Virgen de Flores, Patrona de Álora”. Un cordón de color rojo el elemento que hace la función de sujetar la medalla de la hermandad aunque posteriormente ha pasado a ser rojo y azul, simbolizando el rojo el hábito de la Virgen y el azul el manto de la talla de la misma imagen. Se implanta en los cultos de 1983.
En octubre de 1999 se produce la última modificación estatutaria para ser aprobados el 21 de enero de 2000. Estos últimos han cambiado minimamente el texto en sus once capítulos, cincuenta y seis artículos y tres normas transitorias que componían los de 1987.
La diócesis vuelve a pedir dos nuevas adaptaciones que redactan en 2007 y en 2020.